北京聯合大學臺灣研究院的前身是1989年5月成立的北京聯合大學文法學院臺灣研究室和2000年12月成立的北京聯合大學臺灣研究所。

　　20世紀80年代，隨著兩岸關系的逐漸開放，臺灣問題研究漸漸成為學術界研究的熱點。1989年5月，北京聯合大學文法學院臺灣研究室成立，徐博東任研究室主任。20世紀90年代中葉，隨著校內學院的整合，臺灣研究室劃歸應用文理學院。

　　20世紀90年代，經過艱辛的努力，徐博東教授在臺灣問題研究方面取得了突出的成就，在海峽兩岸受到普遍關注。在校領導的支持下，2000年12月3日，應用文理學院臺灣研究室升格為北京聯合大學臺灣研究所。2004年2月10日，臺灣研究所從應用文理學院遷址到校本部。

　　2005年，為適應加強臺灣問題研究的需要，北京聯合大學決定撤銷臺灣研究所，建立臺灣研究院。4月23日，北京聯合大學臺灣研究院正式成立，徐博東任院長。原海峽兩岸關系協會會長汪道涵為臺灣研究院題寫了院名，原國臺辦副主任唐樹備擔任名譽院長。

　　自成立以來，臺灣研究院本著“立足北京、服務中央、發展聯大、突出應用”的宗旨，在北京市教委、北京市臺辦等上級領導部門和北京聯合大學的領導下，積極展開對臺研究工作，完成了一批科研課題，其中多項成果受到國臺辦、市臺辦的表彰。同時，積極組織、參與重大的學術交流活動，撰寫了數百篇時事評論和學術文章，接受了數千次海內外新聞媒體的采訪，宣傳了祖國大陸的對臺政策，并使臺灣研究院成為北京聯合大學對外交流的重要窗口。

　　臺灣研究院現有工作人員17人（其中返聘1人），教授4人，副教授7人，博士11人，碩士生導師7人。另有100多位海峽兩岸著名專家學者擔任本院客座教授。

　　我院積極開展學科建設工作，依托政治學及其他相關學科，下設臺灣政黨政治、臺灣選舉、臺灣史、臺港澳法律、京臺經濟貿易等五個學科研究方向，并建立了相應的學科建設平臺和學科研究梯隊。

　　2007年起，我院與應用文理學院歷史系聯合招收、培養臺灣歷史文化方向碩士研究生。從2015年起，我院臺灣史研究方向獨立招生。