鐽震案黑幕重重，外界質疑的部分，包括誰指示成立鐽震公司、鐽震公司與扁當局高層的關系、誰是軍中的幕后主使者、誰要求對法軍事交流、對法軍購是否隱藏個人不法利益等，“國防部”到目前沒有一項可以對外清楚說明。

　　臺灣《中國時報》有文分析說，“立委”在選前要求“國防部”徹查鐽震案弊端，“國防部長”蔡明憲當時也信誓旦旦表示，七到十天就會對外有所交待。沒想到臺灣軍方至今不僅沒查出所以然，蔡明憲指示軍法單位調查的方向，居然從“立委”要求的查弊案轉向查泄密案，顯示蔡明憲只不過是以調查鐽震案之名，行軍中清算和掩蓋真相之實。

　　李天羽匆匆下臺 調查轉向

　　在鐽震案爆發后，表示自己不知情的前“國防部長”李天羽一周內就匆匆下臺，接任的“部長”蔡明憲因民進黨新潮流系的色彩濃厚，原本就被外界質疑上臺后可能會為鐽震案“善后”，不過因為蔡明憲曾在“立法院”宣誓十天內就會交代鐽震案的調查結果，在選前也因而一時緩住了“立委”對他的質疑。

　　蔡明憲本末倒置 整頓軍系

　　沒想到，就在外界等待軍方內部調查鐽震案的過程，“國防部”指示臺灣軍法單位調查的重點，居然從外界想了解的案情和弊端，悄悄轉向改為清查鐽震案的軍中泄密管道，如此借刀殺人和本末倒置的做法，除了讓外界感到不可思議外，蔡明憲此舉，無疑更增加外界對其接任“國防部長”是為了掩蓋鐽震案真相的質疑。

　　據知情人士透露，由于鐽震案內幕涉及的軍中層級極高，因此盡管臺灣軍法單位接手，最后也會辦不下去，要靠臺軍方內部調查，真相永遠也不會有大白的一天，不僅如此，反而還讓“國防部”可以趁機大查泄密，順便整頓軍系并掩蓋事實。

　　真相內幕 要靠“立院監察院”

　　因此，要查鐽震案，必須要靠臺軍中體制以外的“立法”和“監察體系”介入調查，現在“大選”勝負已定，國民黨將接替執政，在選前由藍營“立委”在“立法院”外交及“國防委員會”決議組成的鐽震案調閱小組，周四將組成并開始運作。這個小組未來調查的成效，已關乎鐽震案的內幕是否能在“國會”監督之下真相大白。

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